Il dipinto più distante dall'ingresso della grotta di Santa Maria della Nova è una Crocifissione, proposta a una notevole altezza dal piano di calpestio. Il Cristo emerge con forte drammaticità, occupando per intero il fondale rosso e annullando quasi il supporto ligneo, che si scorge appena al di dietro delle braccia, sconfinando oltre i limiti della campitura. Affiancano il Cristo, ritto nella parte superiore del corpo ben modellato, la Madonna, che addita con le braccia sollevate il Figlio, e san Giovanni evangelista con le mani giunte in preghiera. Fattori di sicuro impatto emotivo concorrono ad accentuare l'intenso pathos dell'evento: il formato dei chiodi, quasi picchetti infissi nelle mani; lo stillicidio delle ferite inferte sul corpo del giustiziato; uno zampillo di sangue, che sgorga dalla ferita sul costato. A tutto ciò si aggiunge l'espressione dolente degli astanti, caratterizzati da fisionomie acute e contratte, abbreviati nella definizione plastica dell'abbigliamento, affidata a pochi tratti lineari. Sulla parete sinistra della Cappella di Santa Maria della Nova si sussegue una serie di affreschi, i primi due dei quali, sono emersi durante i lavori di restauro condotti nel 2003. II primo soggetto, estremamente lacunoso, è composto sullo stesso strato pittorico del dipinto raffigurante la Madonna con Bambino. Rappresenta un Santo francescano individuabile dal saio color grigio. Accostato al riquadro del Santo francescano appare una Madonna con Bambino, dipinto deturpato dalla perdita di ampi brani e dal completo svanimento dei volti delle due figure. Quanto rimane è, comunque, sufficiente per formulare alcune considerazioni sulloriginale fattura del soggetto. Le figure sono inserite in un'elaborata struttura dal profilo interno trapezioidale, che simula una intelaiatura lignea, interrotta lungo i lati da riquadri incassati e, in alto, da borchie tondeggianti. Qualcosa di simile si può osservare nelle incorniciature dei pannelli con figure di vescovi e in alcuni apparati scenografici che ospitano storie del Ciclo mariologico, nella Basilica di Santa Caterina d'Alessandria a Galatina, decorata nella prima metà del XV secolo. Fu donna Lucrezia Zaccaria a commissionare l'affresco raffigurante santa Maria della Nova, a cui la chiesa è dedicata, con in braccio Gesù Bambino, all'ignoto artista che eseguì l'opera. Di lato a questo affresco è stato riportato alla luce un altro affresco raffigurante San Bernardino. Il recupero dei due affreschi e il restauro degli stessi si devono a due restauratori tedeschi, i coniugi Jolanda ed Hermann Mayer, conosciuti ed apprezzati a livello internazionale per una lunga serie di interventi eseguiti con maestria su diversi monumenti. I due bravi restauratori, già da qualche anno attivi in Puglia, hanno lavorato per portare alla luce la serie di affreschi esistenti non solo all'interno della chiesa cinquecentesca ma anche dentro la antica chiesa rupestre risalente all' XI-XII secolo, quando in Ostuni era presente una comunità di origine bizantina che aveva sacerdoti propri i quali officiavano accanto ai sacerdoti di rito latino. Emerso durante i lavori di restauro condotti nel 1997, il dipinto raffigurante santa Maria della Nova, è stato identificato grazie all'iscrizione a lettere capitali ai lati dell'aureola. Il quadro è delimitato da una profonda cornice azzurrata, illuminata nel bordino interno, come se fosse colpita dalla luce proveniente dal portale della chiesa. Assisa su un trono marmoreo privo di schienale, la Madonna si uniforma, per posizione e per abbigliamento, al similare repertorio figurativo delle tarde icone bizantineggianti. Una ciocca di capelli, che ricade in una serie di riccioli ai lati del viso, è l'unica concessione a un atteggiamento austero e quasi severo del volto. Il Bambino, tutto proteso a carpire un oggetto inidentificabile (forse una rosa), è, invece, più spontaneo e vivace; la corta e aderente tunichetta, pur conservando la memoria di decorativismi tipicamente tardo-gotici, lascia, infatti, intuire il robusto modellato del corpicino, liberamente mosso nello spazio. La figura di San Bernardino da Siena (1380-1444) giganteggia in un pannello verticale, sviluppato sul lato sinistro della porta che introduce nella dimora del romito. Il ductus, semplice e modesto dell'ignoto pittore si evince non solo nei rapporti sbilanciati del busto con la parte inferiore del corpo ma, anche, nei panneggi del saio, riuniti in gruppi di tre pieghe. Il volto, asciutto e allungato, è percorso da innumerevoli rughe, più sottili sulla fronte e intorno agli occhi, profondamente marcate intorno al mento e alle labbra; maggiore naturalezza rivela il trattamento dei cappelli, raccolti dietro alle orecchie in ciocche canute, abilmente tratteggiate. Tali cifre stilistiche si riscontrano in quella cerchia di artisti che nel cantiere galatinese della Chiesa di Santa Caterina d'Alessandria, si è espressa con una forte accentuazione fisionomica, quasi caricaturale delle figure, anche se è difficile proporre dei confronti convincenti.